Nach einem Abschluss in Rechtswissenschaften entschied sich Pietro Andrea Matthioli (1501-1577) für ein Medizinstudium in Padua. Nachdem er mehrere Jahre als praktizierender Arzt in Rom verbracht hatte, war er in Trient ab 1527 in kirchlichen Diensten tätig. Als er 1539 in die habsburgische Grafschaft Görz überwechselte, widmete er sich intensiv der alpenländischen Flora. Wenige Jahre später ernannte ihn Kaiser Ferdinand I. zum Leibarzt seines Sohnes Ferdinand II. in Prag. 1568 ließ sich Matthioli vom Dienst am Hof befreien. Er kehrte nach Italien zurück und fiel 1577 der Pest zum Opfer.
Der italienische Arzt und Humanist ließ sich bei seinen botanischen Studien ganz von der Gedankenwelt der Renaissance leiten und widmete sich den klassischen Autoren. Der hohe wissenschaftliche Anspruch und die sorgfältige Übersetzung des Dioscurides setzten neue Maßstäbe, die vorherige Bearbeitungen anderer Botaniker als überholt gelten ließen. Zuerst publizierte Matthioli seine neue Dioscurides-Ausgabe Commentarii in sex libros Pedacii Dioscoridis Anazarbei de medica materia auf Italienisch, weitere Auflagen auf Lateinisch, Deutsch und Tschechisch folgten. Seinen Bestrebungen, die antiken Klassiker in Volkssprache zu übersetzen, ist es zu verdanken, dass sich das einschlägige Vokabular für einen wissenschaftlichen Diskurs enorm erweiterte, bisweilen neu geschaffen wurde. Matthioli kommt auch das Verdienst zu, erstmals neu entdeckte Pflanzen aus Amerika beschrieben zu haben.
In den Jahren 1544 bis 1562 wurden von der Dioscurides-Ausgabe mehr als 32.000 Exemplare in 60 Auflagen verkauft. Mit finanzieller Unterstützung der Habsburger erschien die Prager Prachtausgabe 1562, die ein Jahr später von Georg Handsch ins Deutsche übersetzt wurde. Das Kräuterbuch umfasste 1149 Seiten mit über 800 teilweise ganzseitigen Abbildungen. Matthioli legte leider bei seinem Kräuterbuch keinen besonders großen Wert auf die künstlerische Ausstattung. Mangelnde Naturtreue und Verwechslungen wurden unkorrigiert sogar in spätere Auflagen übernommen.
Der Baseler Stadtarzt Bernhard Verzascha bearbeitete 1678 die letzte deutsche Ausgabe des Kräuterbuchs von Matthioli und fügte Beschreibungen über Pflanzen der neuen Welt wie Kaffee, Tee und Tabak bei. Der Baseler Professor für Botanik Theodor Zwinger (1658 – 1724) gab im Jahr 1696 das Theatrum Botanicum heraus, das eine überarbeitete und „um mehr als die Hälfte vermehret[e]“ Auflage seines Schweizer Kollegen Verzascha war.