Nachdem am 14. Mai 1790 die Regensburgische Botanische Gesellschaft gegründet worden war, ging man bald daran, ein Herbarium anzulegen. Dieses Herbarium wurde von der Gesellschaft in ihren eigenen Räumen gepflegt und laufend erweitert.
Mit der Errichtung der Botanischen Lehrstühle an der Universität Regensburg im Jahre 1973 begann die fruchtbare Zusammenarbeit von Hochschule und Gesellschaft. Seither befindet sich das Herbarium am Lehrstuhl für Botanik und wird hier weiter betreut. Anfang 2002 wurde für die Phanerogamensammlung, die derzeit 1.350 Faszikel mit 122.358 Belegen umfasst, eine moderne Kompaktanlage eingerichtet.
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