Am Institut für Wirtschaftsinformatik existieren drei große Forschungsgebiete. Im Bereich Internet Business kooperieren die Lehrstühle für Wirtschaftsinformatik II und Wirtschaftsinformatik III, ergänzt durch das wissenschaftliche An-Institut ibi research an der Universität Regensburg.
Im Forschungsschwerpunkt IT-Security arbeiten die Lehrstühle für IT-Sicherheits-management und Informationssysteme eng zusammen.
Zum Forschungsbereich Business Information Systems kooperieren die Lehrstühle für Wirtschaftsinformatik III und Informationssysteme.