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Der Lehrstuhl arbeitet eng mit wissenschaftlichen Einrichtungen im In- und Ausland zusammen. Besonders intensiv ist die Kooperation mit dem Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung (IOS) im Wissenschaftszentrum Ost- und Südosteuropa Regensburg (WIOS).
Auch mit dem Institut für Ostrecht München und dem Ungarischen Institut wird eine enge Zusammenarbeit gepflegt.
Gemeinsame Projektvorhaben
Es existieren Kooperationen und Partnerschaften u. a. mit
- Abteilung für Südosteuropäische Geschichte, Universität Graz
- Central European University, Budapest
- Collegium Carolinum, München
- Department of History, DePaul University, Chicago, II.
- Freie Internationale Universität von Moldova, Chișinau
- Geschichtsinstitut der Akademie der Wissenschaften, Budapest
- Goethe-Institut Kroatien
- Herder-Institut, Marburg
- Institut für Geschichte, Akademie der Wissenschaften von Moldova, Chișinau
- Institut für Geschichte (Institut za istoriju), Sarajevo
- Institut für Nationalgeschichte (Institut za nacionalna istorija), Skopje
- Institut für Osteuropageschichte, Universität Gießen
- Institut für Osteuropäische Geschichte, Universität Wien
- Institut für Slawistik, HU Berlin
- Institut für Wirtschafts- und Sozialgeschichte, Philosophische Fakultät der Karls-Universität Prag
- Marko-Cepenkov-Institut für Folklore, Skopje
- National University “Odessa Maritime Academy”, Odessa
- Osteuropa-Institut, FU Berlin
- Philosophische Fakultät, Belgrad
- Professur für Geschichte Ostmitteleuropas, Universität Erfurt
- School of Languages, Literatures and Cultural Studies, Trinity College
- University of Bristol
- University of Oxford
- Westböhmische Universität Pilsen
Über die International Association for Southeast European Anthropology (InASEA) bestehen darüber hinaus Verbindungen zu zahlreichen ethnologischen und ethnografischen Einrichtungen in Südosteuropa und Ländern außerhalb der Region.