Die Forschungstätigkeit des HUI deckt räumlich das historische und das gegenwärtige Ungarn, zeitlich alle Perioden seit der ungarischen Staatsgründung mit Schwerpunkten im 19. und 20. Jahrhundert ab. Disziplinär sind in erster Linie die Geschichts-, die Politik- und die Literaturwissenschaft beteiligt. Bei diesen Vorhaben kann das HUI auf die Forschungstradition des Ungarischen Instituts München e. V. aufbauen.
Für die Zukunft ist die Konzeptionierung von Forschungsprojekten geplant, welche die interdisziplinäre Ungarn-Expertise in Regensburg bündeln; darüber hinaus arbeitet das HUI mit Kooperationspartnern in Deutschland, Ungarn und anderen Ländern eng zusammen.